明朝共有北京、鳳陽、南京三個都城，朱元璋在南京稱帝后，開始大肆營建南京宮殿，他在位30多年就建了30多年，形成了皇宮、內城、外城、外城郭等建筑圈。

萬歷時，歐洲傳教士利瑪竇來中國，看到南京城后，感嘆為世界上最雄偉壯觀的城市，明朝滅亡時南京故宮都保存完好。

歷史上的南京故宮有三次大的破壞導致毀滅：

一是清初為了平定江南地區，滿清軍隊占領南京城，為了將其改為駐防城，大規模的拆建、破壞;

二是晚清太平天國定都南京后，為建天王宮殿，再一次東拆西建，幾年后湘軍攻陷南京，戰火吞噬了剩下的皇城;

三是1927年蔣介石定都南京后，為了城市建設，拆除了僅剩明皇宮的石料、磚瓦，用于鋪路和南京城內的修建，甚至在明故宮基址上修建了軍用機場，南京城內明皇宮的建筑越來越少。